List.files error (easy?) [R]

Я пытаюсь r.bind все файлы в определенном каталоге со следующим кодом в R (все файлы отформатированы одинаково):

gene_list <- list.files("/nethome/genelist/")
gene_CH <- do.call("rbind",lapply(gene_list, FUN=function(files) {read.table(files, header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE)}))
write.table(gene_CH,"/nethome/genelist/all.genes.CH_v2t.txt",sep="\t",quote=F,row.names=F)

Однако я получаю следующую ошибку:

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") : cannot open file 'A2ML1_v2t.txt': No such file or directory

Вещь, A2ML1_v2t.txt находится в каталоге. Кроме того, что еще более озадачивает (для меня так или иначе), что этот код работал сегодня утром. Но по какой-то причине он сейчас не работает.

Какие-либо предложения?

1 ответ

Две возможности:

  1. Сегодня утром ваш рабочий каталог был /nethome/genelist/, но теперь это не так. list.files() дает только имена файлов, а не абсолютные пути, поэтому вторая строка будет искать текущий рабочий каталог. Попробуйте getwd() проверить и setwd() чтобы изменить его.
  2. У вас есть разрешение на чтение в каталоге, не так ли?

licensed under cc by-sa 3.0 with attribution.